S-a născut în 1957 la Cahul. A studiat la Facultatea de Filologie a Universităţii de Stat din Moldova şi la Şcoala Superioară de Teatru „B. V. Şciukin” din Moscova de pe lângă Teatrul Academic „Evgheni Vahtangov” (1980), unde a învăţat actoria. În 1989-1990 a fost stagiar la aceeaşi şcoală, iar în 1999-2000 – stagiar şi cadru didactic la Universitatea de Artă Teatrală şi Cinematografică (UNATAC) „I. L. Caragiale” din Bucureşti, clasa profesorului Sanda Mahu. A făcut studii de doctorat  la aceeaşi instituţie cu profesorul universitar Ion Toboşaru.

Alături de colegii săi Petru Vutcărău, Andrei Sochircă, Andrei Moşoi, Valentin Todercan, Ala Menşicov,  a format trupa Teatrului „Eugene Ionesco”. A realizat peste 50 de roluri în teatru, la TV şi în filme: Napoleon („Napoleon” de F. Brukner), Al. Karenin („Ana Karenina” de L. N. Tolstoi), Jean („Rinocerii” de E. Ionesco), Balta („Horia” de I. Druţă), Caţavencu („O scrisoare pierdută” de I. L. Caragiale), Claudius („Hamlet” de W. Shakespeare) ş.a.

În calitate de regizor, Emil Gaju a montat:  „Drama” şi „Cerere în căsătorie” de A. P. Cehov, „Conu Leonida” de I. L. Caragiale, „Micile tragedii” de A. S. Puşkin, „Delir în doi” şi „Scaunele” de E. Ionesco, „Gaiţele” de A. Kiriţescu ş.a.  Acestea şi alte spectacole au văzut lumina rampei la Teatrul Poetic „A. Mateevici” şi Teatrul Naţional „Mihai Eminescu” din Chişinău,  Teatrul „Maria Filotti” din Brăila, România, Teatrul de Stat Oradea, Teatrul „Valah” din Giurgiu ş.a.

În prezent, Emil Gaju  colaborează cu Teatrul Naţional „Mihai Eminescu” din Chişinău şi cu Teatrul Muzical-Dramatic „B. P. Hasdeu” din Cahul. A desfăşurat activitate didactică la Academia de Arte „Luceafărul” şi la Universitatea Ecologică din Bucureşti. Este cadru didactic la Academia de Muzică, Teatru şi Arte Plastice din Chişinău.

Emil Gaju este premiat şi nominalizat  la festivaluri naţionale şi internaţionale, iar prin decret prezidenţial i-a fost conferit titlul onorific „Maestru în Artă”.